在第二季中，动物变异进入第二阶段，全球所面临的危险也进一步扩大。它们开始攻击人类的基础设施并制造致命的环境现象，试图让地球变成一颗不宜居住的星球。在2×01《The Day Of The Beast》和2×02《Caraquet》中，主人公团队决心营救Jamie和那只携带重要基因的美洲豹，他们是结束这场动物危机的关键所在。与此同时，一种惊人的变异威胁到主人公团队中某人的生命。Josh Salatin本季扮演Jamie遇到的陌生人Logan，他对她隐瞒了一个危险的秘密。Alyssa Diaz扮演一个军事组织的成员Dariela，他们在动物变异过程中发现了一种奇怪而棘手的新情况。Joanne Kelly扮演美国国防部副部长Allison Shaw，她迫切希望找到解决动物危机的方案，并且她与Mitch有亲戚关系。
