《无间道》第二季的故事必然是紧接第一季的剧情延续……《无间道》故事要从一个初入香港警队的见习警察韦峻轩说起。韦峻轩自幼生活不是特别幸福，因为父亲常年殴打母亲而给了他内心留下了深深的阴影，甚至在父母离异后他更加坚定了只有权和势才能够保证所爱之人的幸福，故进入警队以后的他也一直存着一种要攀升得越快，爬得越高的心理。在一次扫毒行动中，韦峻轩遇到了疑犯五折，因为一些私人恩怨而令其药物中毒，欲给他点儿教训。谁知在这个报复的过程中，韦峻轩不慎致其死亡了。得知五折死后，韦峻轩一直活在内疚和不安中，时常需要理医生胡家琳（朱锐饰）的治疗才能稍稍平复自己的内心。来港寻友的大陆警察江子丹（化名子弹）意外发现了服用过量毒品堕楼身亡的五折。江子丹觉得五折的死因相当蹊跷。为了好友的清白，也因为本身作为一名警察的责任感驱使，江子丹发誓要找寻真相。在寻找真相的过程中，江子丹（化名子弹）发现五折的死与一个香港黑道社团经营的贩毒网络有关，该网络正与外国贩毒集团勾结，筹划开拓中国这个庞大的市场！于是立即联络香港警方，两地联合部署行动，要捣毁这个跨境的贩毒集团。
