持续旅行的小智一行人，来到了被丰富自然的河川环绕的城镇米季纳。这个城镇里拥有数千年前的遗迹，小智等人在巨大的岩山上朝遗迹前进。在巨大的岩山上朝遗迹前进。突然，遗迹附近的湖刮起了水龙卷并向小智等人逼近，就在快被龙卷风卷入时，随著「帝牙卢卡，拜托了！」的声音出现了一名女性。下一刻，撕开空间的帝牙卢卡出现了。 这位名叫「希娜」的女性，是遗迹的守护者，拥有与神奇宝贝心灵相通的能力。在希娜的邀请下，让小智他们使用时空仪来说明有关帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳的空间，并说起了在米季纳关於被称为诞生一切的幻之神奇宝贝「阿尔宙斯」的古老传说……
